转录组测序

转录组测序(transcriptome sequencing)的研讨工具为特定细胞正在某一功用状况下所能转录出来的mRNA的集合,可从整体程度研讨基因功用和基因构造,发明差别心理大概病理状况下细胞、构造或个别内差别表达的基因。现在已普遍应用于根蒂根基研讨、份子育种、临床诊断和药物研发等范畴。

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转录组测序(transcriptome sequencing)的研讨工具为特定细胞正在某一功用状况下所能转录出来的mRNA的集合,可从整体程度研讨基因功用和基因构造,发明差别心理大概病理状况下细胞、构造或个别内差别表达的基因。现在已普遍应用于根蒂根基研讨、份子育种、临床诊断和药物研发等范畴。

手艺道路

金沙贵宾会网址

测序平台

Illumina HiSeq平台,Illumina NextSeq 500平台

剖析内容

有参考基因组转录组剖析项目

无参考基因组转录组分析项目

原始数据整顿、过滤及质量评价

原始数据整顿

参考基因组正文整顿统计

数据量控

比对效果质控

下质量序列获得

基因表达量统计

转录本拼装及剖析

测序饱和度剖析

Unigene 聚类

基因掩盖均一度剖析

Unigene 功用正文

样品相关性磨练

Unigene GO 分类正文

基因表达形式散布

Unigene eggNOG分类正文

基因表达差别剖析(两两样品间)

Unigene KEGG分类正文

差别表达双向聚类剖析

Unigene 表达量盘算

PCA剖析

Unigene表达量密度散布

表达差别基因GO富集剖析

Unigene测序饱和度剖析

表达差别基因KEGG通路富集剖析

Unigene掩盖均一度剖析

表达差别基因聚类分析

样品相关性检测

cSNP剖析

表达差别 Unigene 检测(两两样品间)

可变剪切剖析

表达差别 Unigene GO富集剖析

UTR剖析

表达差别 Unigene GOSlim富集剖析

新转录位点剖析

表达差别 Unigene KEGG富集剖析

组间共有特有差别基因可视化

表达差别 Unigene 聚类分析

转录组可视化平台搭建

主身分剖析

转录本表达差别剖析

cSNP 剖析

外显子表达差别剖析

InDel 剖析

卵白网络互做剖析

SSR 剖析

基因组圈图

ORF 剖析

共表达网络分析

组间共有特有差别基因可视化

对照转录组分析

卵白网络互做剖析


转录因子分析


共表达网络分析


共有、特有差别表达基因剖析

效果展现

基因共表达网络分析:WGCNA(Weighted correlation network analysis)是相关性网络分析的一种。用于剖析差别样品中高度相干的基因构成的模块、这些模块的表征基因(module eigengene)和要害节点基因(hub gene)、基因模块取表型之间的干系等。常用去寻觅潜伏的生物符号份子(biomarker)或医治靶标。局部效果展现以下:

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基因间隔散类                 模块性状相关性剖析

特性基因剖析图

SNP位点及掩盖度统计图

经由过程Circos 对测序效果作图,最外圈为拼接效果,从外到内顺次为GC比、样品SNP、测序掩盖深度。

SNP位点及掩盖度统计图

各组差别剖析之间共有的差别基因矩阵图

对角线数字为每次差别剖析的差别表达基因数目,其他方框中数字示意两次差别剖析之间的共有差别基因数目。

各组差别剖析之间共有的差别基因矩阵图

组间共有差别基因网络调控图

组间共有差别基因剖析,不同颜色的圆圈代表不同组的两两对照,并列出差别基因,交织的局部代表不同组之间的共有差别基因。

组间共有差别基因网络调控图

 


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