16S测序(情况微生物多样性检测)

 情况微生物多样性检测,是以样品中的微生物群落作为整体停止研讨,经由过程对核糖体RNA下变地区(好比16S/18S/ITS等序列)或功用基因(如古菌的氨氧化基因等)停止PCR扩增和测序,然后剖析响应情况下微生物群落的多样性和散布规律。

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 情况微生物多样性检测,是以样品中的微生物群落作为整体停止研讨,经由过程对核糖体RNA下变地区(好比16S/18S/ITS等序列)或功用基因(如古菌的氨氧化基因等)停止PCR扩增和测序,然后剖析响应情况下微生物群落的多样性和散布规律。


 一、手艺道路

Roche 454 FLX+、Illumina MiSeq

 

二、生物信息剖析

1. 原始数据整顿、过滤及质量评价 

2. OTU天生和正文

3. 基于物种歉度剖析:
    ♦稀释曲线
    ♦歉度散布曲线
    ♦Alpha多样性剖析
    ♦物种歉度差别剖析

4. 基于群落构造剖析:
    ♦单样品物种散布饼图
    ♦多样品物种散布柱图
    ♦露退化干系的物种歉度
    ♦Beta多样性剖析

5. 凭据客户需求停止个性化剖析 


三、样品要求 

1、样品采集:样品采集前提的同等是主要的环节,严厉根据采样尺度采样,采样后立刻封存样品冷冻生存。

2、样品DNA:情况身分非常庞大,很多物资或抑止因子影响后续PCR、测叙文库构建和序列测定,通例提取要领不一定合适,发起接纳公用试剂盒提取。供应浓度≥20 ng/μl,总量≥500 ng的基因组DNA,并确保电泳检测无显着RNA条带,基因组条带清楚、完好;基因组DNA完整无降解;供应DNA电泳检测照片,用自封袋密封后随样品一同收样。构造样品>1.5 g。

3、样品生存时期切忌重复冻融。

4、送样管务必标浑样品编号,管口运用Parafilm膜密封。


五、我们的上风 

1.能凭据合作伙伴的需求,免费设想个性化的实行计划。

2.海科生物具有多个先辈的测序平台;
    ♦Roche 454 FLX+测序平台:测序序列少,能够掩盖16S rDNA多V区/18S rDNA和ITS等下变地区;
    ♦Illumina Miseq测序平台:测16S单V区或单V区。 

3.具有标准化的剖析流程。

4.可凭据研讨目标定制个性化剖析服务。


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